En los bosques húmedos tropicales de las islas, se han registrado mas de 300 especies de plantas vasculares, dominadas por el cedro bateo, el níspero, el mayo blanco, el roble y el amarillo. En las áreas de poca luz, en el piso del bosque, se encuentran epifitas y grandes helechos. En bosques intervenidos y en recuperación son comunes los árboles de Guacimo Colorado, Cerillo, Jobo e Higueron. Es también muy común la Gimnosperna Zamia, representada por una gran numero de ejemplares. En sus playas nidifican 4 especies de tortugas marinas amenazadas a escala mundial, entre ellas la tortuga Verde, la Caguama y la tortuga Carey.
La importancia de estos no debe sé desestimada ya que recientes estudios científicos indican que las semillas del 95% de las plantas que crecen en tierras deforestadas han sido dispersadas por estos mamíferos voladores. En las áreas forestales son comunes también el conejo Pintado, los monos Cariblancos, Aulladores, el mono Nocturno o Jujuna y el vistoso oso Hormiguero. Entre los anfibios se destaca la presencia de la famosa ranita venenosa, Dendrobates pumilio, que se encuentra entre la hojarasca de los bosques siempre verdes porco alterados del Parque, presentando una gran variedad de coloraciones, (rojo brillante, amarillo intenso, naranja) un posible indicativo de especialización por aislamiento. La zona alberga también numerosos reptiles, incluyendo poblaciones estables de boas, vistosos merachos, lagartos e iguanas verdes que pueden ser observadas con facilidad por los visitantes del área. Encontramos también una increíble variedad de vida submarina
